পাঠ 1ডিফারেনশিয়াল এক্সপ্রেশন বিশ্লেষণ: ডিএসইক্যু২, এজআর, লিমা-ভুম — মডেল ডিজাইন, কনট্রাস্ট এবং মাল্টিপল-টেস্টিং সংশোধনএই বিভাগে ডিএসইক্যু২, এজআর এবং লিমা-ভুম ব্যবহার করে ডিফারেনশিয়াল এক্সপ্রেশন ওয়ার্কফ্লো বিস্তারিত বর্ণনা করা হয়েছে, মডেল ডিজাইন, কনট্রাস্ট, ডিসপার্শন অনুমান এবং মাল্টিপল-টেস্টিং সংশোধনের উপর জোর দিয়ে নির্ভরযোগ্য জিন তালিকা এবং প্রভাবের আকার অনুমান লাভ করতে।
পরীক্ষামূলক মডেল এবং কোভারিয়েট ডিজাইনজটিল তুলনার জন্য কনট্রাস্ট সেটিংডিএসইক্যু২ এন্ড-টু-এন্ড ওয়ার্কফ্লো চালানোএজআর এবং লিমা-ভুম পাইপলাইন ব্যবহারমাল্টিপল-টেস্টিং সংশোধন এবং এফডিআর নিয়ন্ত্রণলগ২ ফোল্ড চেঞ্জ এবং শ্রিঙ্কেজ ব্যাখ্যাপাঠ 2ডেটা সংগঠন এবং ফাইল নামকরণ কনভেনশন: স্যাম্পল শীট, কাঁচা/প্রক্রিয়াজাত আলাদা, সামঞ্জস্যপূর্ণ আইডেন্টিফায়ারএই বিভাগে আরএনএ-সিকোয়েন্স প্রকল্প ফাইল সংগঠনের সেরা অনুশীলন বর্ণনা করা হয়েছে, যার মধ্যে স্যাম্পল শীট, ডিরেক্টরি লেআউট, কাঁচা বনাম প্রক্রিয়াজাত ডেটা আলাদা এবং স্ক্রিপ্টিং, ট্র্যাকিং এবং পুনরুৎপাদন সহজ করার জন্য সামঞ্জস্যপূর্ণ আইডেন্টিফায়ার অন্তর্ভুক্ত।
স্পষ্ট ডিরেক্টরি হায়ারার্কি ডিজাইনকাঁচা এবং প্রক্রিয়াজাত ডেটা আলাদাশক্তিশালী স্যাম্পল শীট এবং মেটাডেটা তৈরিসামঞ্জস্যপূর্ণ স্যাম্পল এবং লাইব্রেরি আইডেন্টিফায়াররেফারেন্স জিনোম এবং ইনডেক্স ভার্সনিংপ্রকল্প ডেটা ব্যাকআপ এবং আর্কাইভিংপাঠ 3জিন-লেভেল কোয়ান্টিফিকেশন কৌশল: ফিচারকাউন্টস, এইচটিএসইক্যু-কাউন্ট, ট্রান্সক্রিপ্ট-টু-জিন সামারাইজেশনের জন্য টিক্সইমপোর্টএই বিভাগে অ্যালাইনড বা পসিউডো-অ্যালাইনড রিড থেকে জিন-লেভেল কোয়ান্টিফিকেশন ব্যাখ্যা করা হয়েছে, ফিচারকাউন্টস এবং এইচটিএসইক্যু-কাউন্ট তুলনা করে এবং টিক্সইমপোর্ট কীভাবে ট্রান্সক্রিপ্ট-লেভেল অনুমানগুলোকে শক্তিশালী জিন-লেভেল ম্যাট্রিক্সে একত্রিত করে ডাউনস্ট্রিম পরিসংখ্যানিক বিশ্লেষণের জন্য বিস্তারিত করা হয়েছে।
জিটিএফ এবং বিএএম ইনপুট সহ ফিচারকাউন্টস কাউন্টিংএইচটিএসইক্যু-কাউন্ট মোড এবং অ্যানোটেশন ব্যবহারস্ট্র্যান্ডেডনেস এবং মাল্টিম্যাপিং রিড হ্যান্ডলিংটিক্সইমপোর্ট সহ স্যালমন এবং ক্যালিস্তো আমদানিজিন-লেভেল কাউন্ট ম্যাট্রিক্স তৈরিকোয়ান্টিফিকেশন মান এবং কভারেজ মূল্যায়নপাঠ 4ডেটা ডাউনলোড এবং সংগঠনের টুলস: এসআরএ টুলকিট (প্রিফেচ/ফাস্টক্যু-ডাম্প), ইইএনএ ফটিপি/অ্যাসপেরা, ওজেট/আরসিঙ্ক এবং প্রস্তাবিত ইনপুট/আউটপুটএই বিভাগে আরএনএ-সিকোয়েন্স ডেটা ডাউনলোড এবং সংগঠনের নির্ভরযোগ্য কৌশল কভার করা হয়েছে, এসআরএ টুলকিট, ইইএনএ অ্যাক্সেস, কমান্ড-লাইন ট্রান্সফার টুলস এবং অটোমেশন এবং পুনরুৎপাদন সমর্থনকারী সামঞ্জস্যপূর্ণ ইনপুট এবং আউটপুট স্ট্রাকচার সংজ্ঞায়িত করার উপর জোর দিয়ে।
এসআরএ টুলকিট প্রিফেচ এবং ফাস্টারক্যু-ডাম্প ব্যবহারফটিপি এবং অ্যাসপেরা দিয়ে ইইএনএ অ্যাক্সেসওজেট এবং আরসিঙ্ক দিয়ে নিরাপদ ডাউনলোডকাঁচা এবং প্রক্রিয়াজাত ফাইল ফরম্যাট চয়নডাউনলোড মেটাডেটা এবং চেকসাম ডকুমেন্টেশনস্ক্রিপ্ট এবং লগ দিয়ে ডাউনলোড অটোমেট করাপাঠ 5মান নিয়ন্ত্রণ টুলস এবং আউটপুট: ফাস্টক্যুসি, মাল্টিক্যুসি, পরিদর্শনীয় মূল মেট্রিক্স (পার-বেস মান, অ্যাডাপ্টার কনটেন্ট, ডুপ্লিকেশন, জিসি)এই বিভাগে আরএনএ-সিকোয়েন্স মান নিয়ন্ত্রণের উপর জোর দেওয়া হয়েছে, ফাস্টক্যুসি এবং মাল্টিক্যুসি ব্যবহার করে পার-বেস মান, অ্যাডাপ্টার দূষণ, ডুপ্লিকেশন এবং জিসি কনটেন্টের মতো মূল মেট্রিক্স সারাংশ করে এবং ট্রিমিং বা রি-সিকোয়েন্সিং প্রয়োজন কিনা তা নির্ধারণ করতে।
কাঁচা এবং ট্রিমড রিডে ফাস্টক্যুসি চালানোপার-বেস মান প্রোফাইল ব্যাখ্যাঅ্যাডাপ্টার এবং ওভাররিপ্রেজেন্টেড সিকোয়েন্স সনাক্তকরণডুপ্লিকেশন এবং জিসি কনটেন্ট মূল্যায়নমাল্টিক্যুসি দিয়ে রিপোর্ট একত্রিতক্যুসি থ্রেশহোল্ড এবং অ্যাকশন সংজ্ঞায়িতপাঠ 6রিড ট্রিমিং এবং ফিল্টারিং: কখন ট্রিম করবেন, টুলস (ট্রিম গ্যালোর/কাটঅ্যাডাপ্ট/ফাস্টপি), মূল প্যারামিটার এবং আউটপুটএই বিভাগে আরএনএ-সিকোয়েন্স রিড কখন এবং কীভাবে ট্রিম করতে হয় তা ব্যাখ্যা করা হয়েছে, অ্যাডাপ্টার এবং মান ট্রিমিং, দৈর্ঘ্য ফিল্টারিং এবং ট্রিম গ্যালোর, কাটঅ্যাডাপ্ট এবং ফাস্টপি-এর মতো টুলসের মূল প্যারামিটার কভার করে, ডাউনস্ট্রিম বিশ্লেষণের ক্ষতি না করে অতিরিক্ত ট্রিমিং এড়িয়ে।
ট্রিমিং প্রয়োজন কিনা তা নির্ধারণঅ্যাডাপ্টার সনাক্তকরণ এবং অপসারণ কৌশলমান-ভিত্তিক ট্রিমিং থ্রেশহোল্ডন্যূনতম দৈর্ঘ্য এবং জটিলতা ফিল্টারট্রিম গ্যালোর এবং কাটঅ্যাডাপ্ট অপশন ব্যবহারইন্টিগ্রেটেড ক্যুসি এবং ট্রিমিংয়ের জন্য ফাস্টপিপাঠ 7মৌলিক ডাউনস্ট্রিম বিশ্লেষণ: জিও/কেজি সমৃদ্ধি (ক্লাস্টারপ্রোফাইলার), জিইএসইএ প্রির্যাঙ্কড, পাথওয়ে ভিজ্যুয়ালাইজেশন এবং জিন সেট নির্বাচনএই বিভাগে ডিফারেনশিয়াল এক্সপ্রেশনের পর ডাউনস্ট্রিম কার্যকরী বিশ্লেষণ পরিচয় করানো হয়েছে, যার মধ্যে ক্লাস্টারপ্রোফাইলার দিয়ে জিও এবং কেজি সমৃদ্ধি, প্রির্যাঙ্কড জিইএসইএ, পাথওয়ে ভিজ্যুয়ালাইজেশন এবং জিন সেট নির্বাচন ও ফিল্টারিংয়ের নীতিগত কৌশল অন্তর্ভুক্ত।
জিইএসইএর জন্য র্যাঙ্কড জিন তালিকা প্রস্তুতক্লাস্টারপ্রোফাইলার দিয়ে জিও এবং কেজি সমৃদ্ধিযথাযথ জিন সেট ডেটাবেস চয়নসমৃদ্ধ পাথওয়ে এবং নেটওয়ার্ক ভিজ্যুয়ালাইজেশনজিন সেট ফিল্টারিং এবং অগ্রাধিকারকার্যকরী ফলাফল পুনরুৎপাদনযোগ্যভাবে রিপোর্টিংপাঠ 8উচ্চ-স্তরের পাইপলাইন লেআউট: ডেটা ডাউনলোড, ক্যুসি, ট্রিমিং, অ্যালাইনমেন্ট/পসিউডো-অ্যালাইনমেন্ট, কোয়ান্টিফিকেশন, ডিফারেনশিয়াল এক্সপ্রেশন, ডাউনস্ট্রিম বিশ্লেষণএই বিভাগে ডেটা অধিগ্রহণ এবং ক্যুসি থেকে ট্রিমিং, অ্যালাইনমেন্ট বা পসিউডো-অ্যালাইনমেন্ট, কোয়ান্টিফিকেশন, নরমালাইজেশন, ডিফারেনশিয়াল এক্সপ্রেশন এবং ডাউনস্ট্রিম কার্যকরী বিশ্লেষণ পর্যন্ত সামগ্রিক আরএনএ-সিকোয়েন্স পাইপলাইন স্ট্রাকচার উপস্থাপন করা হয়েছে, মডুলার, স্ক্রিপ্টেড ওয়ার্কফ্লোর উপর জোর দিয়ে।
পাইপলাইন স্টেজ এবং ডিপেন্ডেন্সি সংজ্ঞায়িতইনপুট, আউটপুট এবং ফাইল ফ্লো পরিকল্পনাক্যুসি, ট্রিমিং এবং অ্যালাইনমেন্ট ইন্টিগ্রেটকোয়ান্টিফিকেশনকে ডিই বিশ্লেষণের সাথে লিঙ্কডিইকে সমৃদ্ধি ওয়ার্কফ্লোর সাথে সংযোগডায়াগ্রাম দিয়ে পাইপলাইন ডকুমেন্টেশনপাঠ 9নরমালাইজেশন এবং অনুসন্ধানী ডেটা বিশ্লেষণ: টিপিএম/এফপিকেএম সীমাবদ্ধতা, ডিএসইক্যু২ নরমালাইজেশন, পিসিএ, স্যাম্পল-স্যাম্পল দূরত্ব হিটম্যাপএই বিভাগে আরএনএ-সিকোয়েন্স ডেটার নরমালাইজেশন এবং অনুসন্ধানী বিশ্লেষণ কভার করা হয়েছে, টিপিএম এবং এফপিকেএম-এর সীমাবদ্ধতা আলোচনা করে, ডিএসইক্যু২-ভিত্তিক নরমালাইজেশন, ভ্যারিয়েন্স স্টেবিলাইজেশন, প্রিন্সিপাল কম্পোনেন্ট বিশ্লেষণ এবং ব্যাচ ইফেক্ট সনাক্তকরণের জন্য স্যাম্পল দূরত্ব হিটম্যাপ।
টিপিএম এবং এফপিকেএম পরিমাপের সীমাবদ্ধতাডিএসইক্যু২ সাইজ ফ্যাক্টর এবং নরমালাইজেশনভ্যারিয়েন্স-স্টেবিলাইজিং এবং আরলগ ট্রান্সফর্মস্যাম্পলের প্রিন্সিপাল কম্পোনেন্ট বিশ্লেষণস্যাম্পল-স্যাম্পল দূরত্ব হিটম্যাপব্যাচ ইফেক্ট এবং আউটলায়ার সনাক্তকরণপাঠ 10মৌলিক ভিজ্যুয়ালাইজেশন সেরা অনুশীলন: এমএ প্লট, ভলক্যানো প্লট, হিটম্যাপ, পাথওয়ে ডটপ্লট এবং ইন্টারেক্টিভ রিপোর্ট অপশন (আর মার্কডাউন, জুপিটার)এই বিভাগে আরএনএ-সিকোয়েন্স ফলাফলের জন্য কার্যকর ভিজ্যুয়ালাইজেশন কৌশল পরিচয় করানো হয়েছে, ডিফারেনশিয়াল এক্সপ্রেশন, স্যাম্পল স্ট্রাকচার এবং পাথওয়ে পরিবর্তনের স্পষ্ট যোগাযোগের উপর জোর দিয়ে স্ট্যাটিক প্লট এবং আর মার্কডাউন বা জুপিটারে তৈরি ইন্টারেক্টিভ, পুনরুৎপাদনযোগ্য রিপোর্ট ব্যবহার করে।
এমএ প্লট নির্মাণ এবং ব্যাখ্যাডিই জিনের জন্য স্পষ্ট ভলক্যানো প্লট ডিজাইনপ্রকাশনা-মানের হিটম্যাপ তৈরিসমৃদ্ধি ফলাফলের জন্য পাথওয়ে ডটপ্লটইন্টারেক্টিভ আর মার্কডাউন আরএনএ-সিকোয়েন্স রিপোর্টজুপিটার-ভিত্তিক অনুসন্ধানী ভিজ্যুয়ালাইজেশনপাঠ 11অ্যালাইনমেন্ট বনাম পসিউডো-অ্যালাইনমেন্ট: স্টার, এইচআইএসএটি২, স্যালমন, ক্যালিস্তো — ট্রেডঅফ এবং আউটপুট (বিএএম, ট্রান্সক্রিপ্ট/জিনকাউন্টস)এই বিভাগে স্টার এবং এইচআইএসএটি২-এর মতো অ্যালাইনমেন্ট-ভিত্তিক টুলস স্যালমন এবং ক্যালিস্তোর মতো পসিউডো-অ্যালাইনমেন্ট টুলসের সাথে তুলনা করা হয়েছে, গতি, নির্ভুলতা, রিসোর্স ব্যবহার এবং বিএএম ফাইল এবং ট্রান্সক্রিপ্ট বা জিন-লেভেল কাউন্টসহ আউটপুটের ট্রেডঅফ হাইলাইট করে।
স্টার বা এইচআইএসএটি২ অ্যালাইনার কখন চয়ন করবেনজিনোম ইনডেক্স এবং অ্যানোটেশন কনফিগারকোয়াসি-ম্যাপিং মোডে স্যালমন ব্যবহারদ্রুত কোয়ান্টিফিকেশনের জন্য ক্যালিস্তো চালানোবিএএম এবং কোয়ান্ট.এসএফ স্টাইল আউটপুট তুলনাগতি, মেমরি এবং নির্ভুলতা বেঞ্চমার্কিং