שיעור 1שיטות בדיקת רגישות אנטי-מיקרוביאלית (AST): דיסק דיפוזיה, מיקרו-דילול צירוף, מערכות AST אוטומטיות — יתרונות, מגבלות, מתי להשתמש בכל אחתחלק זה משווה דיסק דיפוזיה, מיקרו-דילול צירוף, רצועות גרדיאנט ומערכות AST אוטומטיות, מדגיש בחירת בדיקה, הגדרה, קריאה, בקרת איכות והכרה במנגנוני התנגדות שעלולים להתפספס על ידי שיטות ספציפיות.
Disk diffusion setup, reading, and limitationsBroth microdilution and MIC determinationGradient diffusion strips: use and caveatsAutomated AST platforms and alert rulesChoosing AST methods for special organismsשיעור 2בקרת איכות, ולידציה ובטיחות ביולוגית לשיקולים בבדיקות מולקולריותחלק זה מתווה בקרת איכות, ולידציה ובטיחות ביולוגית לבדיקות מולקולריות, כולל אימות בדיקות חדשות, QC שגרתי, מניעת זיהום, הפרדת זרימת עבודה ועמידה בתקנים רגולטוריים והסמכה.
Verification and validation of new PCR assaysInternal, external, and proficiency controlsPreventing amplicon contamination and carryoverUnidirectional workflow and lab zoningRegulatory and accreditation requirementsשיעור 3גישות דור הבא: ריצוף amplicon מכוון, שלבים צינור WGS, הרכבה, אנתציה, זיהוי גני התנגדותחלק זה מציג ריצוף דור הבא למעקב התנגדות, מתווה זרימות amplicon מכוונות, הכנת ספריית WGS, ריצוף, הרכבה, אנתציה, זיהוי גני התנגדות ובקרת איכות וניהול נתונים בסיסיים.
Targeted amplicon design and library preparationWGS library prep, indexing, and run setupRead quality control and genome assembly choicesGenome annotation and resistance gene databasesReporting NGS findings and clinical relevanceשיעור 4טיפול דגימות ותרבית: מערכות תרביות דם, אינקובציה, מדיות תת-תרבית ורמזי מורפולוגיית מושבותחלק זה מסביר שיטות עבודה מיטביות לקבלה דגימות, איסוף ואינקובציה תרביות דם, טכניקות תת-תרבית ופרשנות מורפולוגיית מושבות, מקשר מאפיינים מקרוסקופיים עם פתוגנים סבירים ודפוסי זיהום.
Pre-analytical variables and specimen rejectionBlood culture set collection and incubation rulesSubculture media selection and inoculation patternsReading plates and recognizing mixed culturesColony morphology clues to common pathogensשיעור 5שיטות פנוטיפיות מהירות ובדיקות אימונוכרומטוגרפיות לקרבפנמזות נפוצותחלק זה מתמקד בזיהוי פנוטיפי מהיר של קרבפנמזות, כולל וריאנטי Carba NP ובדיקות זרימה צידית אימונוכרומטוגרפיות, עם דגש על מאפייני ביצועים, שילוב זרימת עבודה ופרשנות תוצאות בהקשר קליני.
Principles of rapid phenotypic carbapenemase assaysCarba NP and derivatives: setup and readoutImmunochromatographic tests for KPC, NDM, OXA-48Sensitivity, specificity, and common interferencesAlgorithmic use with culture and molecular testsשיעור 6שיטות זיהוי אורגניזם: פאנלים ביוכימיים, זרימת MALDI-TOF MS ופרשנותחלק זה סוקר אסטרטגיות זיהוי אורגניזם מרכזיות, כולל פאנלים ביוכימיים ו-MALDI-TOF MS, מכסה הכנת דגימה, זרימת מכשיר, פרשנות ספקטרלית, פתרון בעיות ושילוב עם מערכות מידע מעבדה.
Design and interpretation of biochemical identification panelsMALDI-TOF sample prep for bacteria and yeastsAcquisition parameters and spectral quality controlDatabase matching, score cutoffs, and reportingCommon pitfalls and discordant ID resolutionשיעור 7בדיקות פנוטיפיות לזיהוי התנגדות: בדיקות אישור ESBL, בדיקת Hodge משופרת, Carba NP / mCIM / sCIM לקרבפנמזות, סינון AmpCחלק זה סוקר בדיקות פנוטיפיות לזיהוי התנגדות, כולל בדיקות אישור ESBL, בדיקת Hodge משופרת, Carba NP / mCIM / sCIM לקרבפנמזות, סינון AmpC, עם הדרכה על אלגוריתמים ופרשנות דפוסים מורכבים.
ESBL screening and confirmatory synergy testsPhenotypic detection of plasmid-mediated AmpCmCIM and sCIM workflows and interpretationCarba NP and related carbapenemase assaysIntegrating phenotypic and genotypic findingsשיעור 8זרימות עבודה מולקולריות: בדיקות PCR מכוונות ל-blaCTX-M, blaKPC, blaNDM, blaOXA-48-like, qnr, מתילטרנספרזות 16Sחלק זה מכסה זרימות עבודה מולקולריות לגנים עמידים מרכזיים, מפרט תכנון בדיקה, בקרים ופרשנות ל-blaCTX-M, blaKPC, blaNDM, blaOXA-48-like, qnr ומתילטרנספרזות 16S, בתוספת שילוב עם נתוני רגישות פנוטיפיים.
Primer and probe design for resistance targetsDNA extraction methods and inhibition controlSingleplex vs multiplex PCR assay strategiesResult interpretation and limit of detectionReconciling PCR results with AST phenotypesשיעור 9פרשנות MIC ונקודות שבירה: הבדלי CLSI מול EUCAST וכיצד לבחור נקודות שבירה מתאימותחלק זה מסביר פרשנות MIC באמצעות נקודות שבירה CLSI ו-EUCAST, מדגיש הבדלים קונספטואליים, עדכונים, נקודות שבירה ספציפיות מינון ואסטרטגיות לבחירה ותיעוד תקנים מתאימים במעבדות קליניות.
MIC concepts, ECOFFs, and clinical breakpointsKey differences between CLSI and EUCASTDose-specific and infection-site breakpointsUpdating and version control of standardsDocumenting breakpoint choices in the lab
